Jean Uwinkindi organizou e participou em ataques contra a minoria tutsi grupo étnico, o tribunal decidiu.
Cerca de 800.000 tutsis e hutus moderados foram mortos pelas milícias da maioria hutu grupo étnico.
A 64-year-old pastor Hutu foi o primeiro suspeito de genocídio para ser enviado de volta para Ruanda para o julgamento pelo tribunal da ONU com sede em Tanzânia.
O tribunal encerrar este mês após sentenciar 61 indivíduos e absolveu outros 14.
Uwinkindi - o ex-chefe de uma igreja Pentecostal, nos arredores da capital, Kigali - se opôs a sua transferência.
Ele disse que não iria receber um julgamento justo em Ruanda, onde há agora um governo liderado por tutsis.
Seus advogados disseram que ele iria recorrer da decisão do Supremo Tribunal.
"O tribunal considerar que houve assassinatos de tutsis em Rwankeri e Kanzenze colinas e que os ataques foram conduzidos por Uwinkindi", disse o juiz Kanyegeri Timothee, Reuters agência de notícias.
A acusação alegou que, nas investigações após o genocídio, cerca de 2.000 corpos foram encontrados perto da igreja em Kanzenze, nos arredores de Kigali, onde Uwinkindi era pastor.
Ele foi indiciado em 2011 depois que ele foi preso em 2010 na vizinha Uganda.
Outro suspeito chave, Ladislas Ntaganzwa, que tem um US $ 5 milhões (£ 3.2m) de recompensas dos EUA sobre ele, foi preso há duas semanas na vizinha República Democrática do Congo.
Fornecido por: BBC 2015.( STOP)