Domínguez recebeu todos os 10 votos e assume a posição do presidente interino Wilmar Valdéz, que substituiu em dezembro Juan Angel Napout, preso em Zurique. Valdéz retirou sua candidatura após falhar em conseguir apoio suficiente.
Domínguez, de 44 anos, também foi eleito vice-presidente da Fifa e o argentino Luis Segura foi eleito representante da Conmebol no comitê executivo da Fifa.
"O grande compromisso é restaurar a credibilidade da Conmebol", disse Domínguez a repórteres. "Queremos reconquistar a essência do futebol, seus valores e o jogo limpo".
"É uma honra e grande responsabilidade que todos estes países tenham depositado sua confiança (em mim)", acrescentou Domínguez, que foi vice de Napout na Associação Paraguaia de Futebol por sete anos.
Três dos últimos quatro presidentes eleitos da Conmebol foram paraguaios, e Domínguez irá tentar levar estabilidade à organização, após meses de escândalos envolvendo prisões e renúncias.
O ex-presidente Napout foi extraditado aos Estados Unidos como parte das investigações norte-americanas sobre um suposto esquema de corrupção envolvendo pagamentos milionários de propina a dirigentes de futebol.
Entre os investigados também estão o presidente licenciado da Confederação Brasileira de Futebol (CBF), Marco Polo Del Nero, e os ex-presidente da entidade Ricardo Teixeira e José Maria Marin, este último também preso na Suíça e extraditado para os Estados Unidos.
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