Os incêndios florestais que causaram a neblina são o resultado de práticas de coivara ilegais usados para limpar a terra para plantações de óleo de palma e madeira para celulose.
É a primeira vez que as leis que proíbem tais práticas estão a ser aplicadas.
A poluição ocorreu durante anos, mas foi particularmente ruim em 2015.
O governo não nomeou as empresas, mas lançou as iniciais e localização geral de 30 das 56 empresas cujas licenças serão revogadas.
Apenas uma das empresas foi confirmado como sendo de propriedade estrangeira.
Ministro Florestal Siti Nurbaya disse que outras empresas seriam punidos por não colocar para fora as chamas que atingiram suas áreas, o correspondente da BBC Rebecca Henschke Relatórios de Jacarta.
Ms Nurbaya disse em entrevista coletiva que mais empresas estavam sob investigação.
É ilegal na Indonésia para limpar mais de dois hectares de terra por que é conhecido como métodos de coivara.
