O Ministério das Relações Exteriores disse que reconheceu a "falta de comunicação" com o Iraque através da implantação de suas forças.
Ele vem um dia depois de o presidente dos EUA, Barack Obama, pediu o presidente turco, Recep Tayyip Erdogan a "de-escalar as tensões" com Bagdá.
Turquia enviou pelo menos 150 tropas no norte do Iraque no início deste mês dizendo que eram para proteger instrutores militares.
Turquia mobilizou tropas no acampamento Bashiqa perto de Mosul - uma cidade controlada pelo Estado Islâmico (IS) - desde 2014 para treinar forças curdas iraquianas.
Mas o governo iraquiano disse que o mais recente movimento tinha sido realizado sem consulta e violado a soberania nacional eo direito internacional.
"A Turquia reconhece a falta de comunicação ... com o governo do Iraque sobre as implantações de forças de protecção turcos", disse o Ministério das Relações Exteriores turco, em comunicado.
"A Turquia, em reconhecimento das preocupações iraquianos e de acordo com as exigências da luta contra o Daesh [É], continua a mover forças militares da província de Nínive que eram a fonte de falta de comunicação."
O comunicado não disse quantos soldados seriam movidos ou onde eles iriam.
Na segunda-feira, a agência de notícias da Turquia estatal citou funcionários militares como tendo dito um comboio de 10 ou 12 veículo tinha deixado Bashiqa acampamento e estava se movendo para o norte.
Ele veio dias após o escritório do primeiro-ministro turco Ahmed Davutoglu disse que decidiu reorganizar seu pessoal militar em Bashiqa sequência de conversações com autoridades iraquianas.
O governo turco mantém relações estreitas com a região semi-autônoma do Curdistão no Iraque.
Mas ele considera o sírio curdo Partido da União Democrática (PYD) - cuja Popular Proteção Units (YPG) milícia é um aliado-chave da coalizão liderada pelos Estados Unidos contra IS - como um inimigo, porque é um desdobramento do Partido dos Trabalhadores do Curdistão proibido ( PKK).
