Marquez substituído Stoner na Honda quando o duas vezes campeão do mundo chamado de tempo em sua carreira após a temporada de 2012, embora o australiano manteve laços estreitos com a equipe que ele tinha desfrutado tanto sucesso com.
Stoner voltou Honda em meados de 2013 como um piloto de testes, um papel que ele continuou a executar até fevereiro de 2015. Quando Marquez Repsol Honda companheiro de equipa Dani Pedrosa foi forçado a perder corridas da temporada passada em Austin e Argentina devido a um problema bomba braço, Stoner foi considerado um possível substituto, mas a Honda em vez virou-se para Hiroshi Aoyama, uma decisão que Stoner acredita que foi feito por causa de Marquez.
"Na Honda eu era apenas um testador ocasional e não estava sendo usado para o meu potencial", disse Stoner Motosprint. "Eu amei trabalhar com os caras da BQ mas acho que Marc e sua tripulação sentiu de alguma forma ameaçado por mim e eu não sei por que. Eu estava lá apenas para testar e ajudar.
"Não tenho absolutamente sem ressentimentos para com a Honda e eu tenho grande respeito por Shuhei Nakamoto [vice-presidente da HRC], de modo que nosso relacionamento vai ficar bem no futuro.
"Eu me senti pronto [para substituir Pedrosa] para Austin. Nakamoto me disse que estava arrependido e que ele tinha sido quem tomou a decisão. Mas eu acho que outras pessoas deve ter colocado pressão sobre ele para mim não para a corrida."
Stoner, desde então, se juntou a Ducati como um embaixador da marca e piloto de testes.
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