Eles disseram que os militantes "para matá-los juntos ou deixá-los sozinhos", um governador local disse à imprensa queniana.
Pelo menos duas pessoas foram mortas no ataque, perto da aldeia do nordeste de El Wak na fronteira com a Somália.
O grupo al-Shabab da Somália com base é o principal suspeito pelo ataque.
Ele não disse se era responsável, mas frequentemente realiza ataques no nordeste do Quênia.
O ônibus viajava da capital Nairobi para a cidade de Mandera.
Quando al-Shabab matou 148 pessoas em um ataque a Garissa University College, em abril, os militantes supostamente escolhido para fora cristãos e atirou-los, enquanto libertando muitos muçulmanos.
No ano passado, um ônibus foi atacado em Mandera County por militantes da Al-Shabab, que mataram 28 não-muçulmanos que viajam a Nairobi para os feriados do Natal.
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Por que al-Shabab segmentação Quênia?
"Os moradores mostrou um senso de patriotismo e pertencente a outro", Mandera governador disse Ali Roba privado jornal Daily Nation do Quénia.
Os militantes decidiu sair após demonstração de unidade dos passageiros, acrescentou.
Os passageiros do ônibus mostrou grande bravura, mas não havia outra qualidade revelada por sua decisão surpreendente para levantar-se para os atiradores: Frustração.
A maioria da população local no nordeste do Quênia são muçulmanos de ascendência somali, e eles têm sido duramente atingidos pelas consequências de ataques da Al-Shabab, mesmo os não-muçulmanos são supostamente o principal alvo do grupo militante somali.
Um ataque no ano passado em Mandera, no qual os cristãos foram mortos depois de serem separados dos muçulmanos, provocou a saída de mais de 2.000 professores, bem como muitos profissionais de saúde que tinham vindo de outras partes do país.
Talvez os passageiros sentiram que a região simplesmente não podia pagar um outro tal ataque.
Será interessante ver se suas ações encorajar as populações locais para aumentar a sua resistência a al-Shabab, que atacou a área várias vezes.
Um funcionário da empresa de ônibus Meca, que tinha falado com o motorista envolvido no ataque, confirmou à BBC que os muçulmanos se recusou a ser separadas de seus companheiros de viagem cristãs.
Uma das vítimas foi morta a tiros depois de tentar fugir dos militantes depois que os passageiros tinham sido forçados para fora do ônibus, o mesmo funcionário disse ao correspondente da BBC Bashkas Jugsodaay em Nairobi.
Al-Shabab tem estado em guerra com o Quênia desde que as forças quenianas entraram na Somália em outubro de 2011, em um esforço para acabar com os militantes.
Região norte-oriental do Quênia tem uma grande população de etnia somali.
